Eine Glaskugel habe ich leider nicht... Aber so wie ich meine SL kenne, wird sie sich was einfallen lassen... 
Meinst du nicht, dann doch nochmal in dich gehen zu müssen und zu überlegen, ob du dir das antun willst? Immerhin ist eindeutig, dass der Kollege nicht bereit ist, aus seiner Beziehung die logische Konsequenz "Klasse abgeben" zu ziehen. Das Ganze wäre dann zwar auch im Nachhinein immer unangenehm, aber immerhin ist auf jeden Fall der Punkt "Sex für Noten" weitestgehend vom Tisch. Was dann der ein oder andere Kollege von halten mag, kann egal sein, sind ja beide Erwachsene. Nur kommt er in Teufels Küche, wenn er die Schülerin trotz der intimen Beziehung weiter unterrichtet.
Da das, durch die Schulleitung gesetzte, Vertrauen in ihn und (insofern das herauskäme und so wie du schriebst, besteht die gute Möglichkeit, dass es dazu kommt) dich durch ein Herauskommen der "Täterschaft" bzw deiner Mitwisserschaft empfindlich gestört werden könnte und du sowieso auf Kriegsfuß mit der SL stehst, würde ich mri tatsächlich überlegen, ob § 5 BDG Maßnahmen, die die SL bzw die zuständigen Stellen aufgrudn der "Tat" anstreben können, in deinem Interesse liegen.
Was du nochmal machen kannst:
Den Kollegen erneut direkt ansprechen, ihm darlegen, was ein "Rauskommen" der Geschichte für ihn/die Schülerin und dich als Mitwisserin bedeuten kann wenn er/die Schülerin/du das nicht gegenüber der SL benennt sondern das Ganze durch Dritte herausgefunden wird, die weniger befreundet sind mit ihm. Und ihm evtl. klar machen, das wenn er schon die Sorge hat, die Schülerin würde beim "Schlussmachen" zur SL rennen, er zur eigenen Absicherung das selber bei der SL ansprechen muss. Nicht das ihm dann noch andere Vorwürfe aus der sexuellen Richtung ins Hause flattern.