Wobei man da ja eigentlich bei diesem Fall unterscheiden muss:
a) Die Entscheidung, ob ein Fehlen entschuldigt ist.
b) Die Konsequenzen aus der NVO.
In der Regel entscheidet die Klassenlehrkraft ob ein Fehlen entschuldigt ist oder nicht. Es gibt zwar Fristen, bis wann Entschuldigungen wegen Krankheit einzureichen sind, eine Frist für die Entscheidung bzw. Bekanntgabe der Entscheidung an die Fachlehrkräfte gibt es meines Erachtens nicht, sollte aber kollegialerweise zeitnah sein.
Die Folge aus der NVO ist für den Fachlehrer, der die Note gibt, aber keine Ermessensentscheidung. Unentschuldigtes Fehlen --> 6.
Daher ist meiner Meinung nach im Ausgangsfall nicht die "renitente Fachlehrkraft" das Problem. Das Ermessen (das auch hier formal nicht vorgesehen ist) sollte bei der Akzeptanz der Entschuldigung vorgenommen werden.