Grundsätzlich ist die Höhe der zu zahlenden Lohnsteuer unabhängig von der gewählten Steuerklasse, sie ist einzig durch das Gehalt, die Freibeträge (Grund-, Kinderfreibetrag) und eventuell absetzbare Kosten festgelegt.
Wählt man III/V oder IV/IV mit Faktor so hat man geringe monatliche Abzüge aber auch eine geringere/keine Steuerrückzahlung.
Wählt man IV/IV ohne Faktor, so hat man höhere monatliche Abzüge aber auch eine größere Steuerrückzahlung.
Wenn es nicht so genau darauf ankommt, wann das Geld kommt, was bei A12 + Elterngeld nicht unwahrscheinlich ist, belasst es bei IV/IV. Das Geld kommt zwar etwas später, aber genauso viel. Und vielleicht arbeitet deine Frau schon bald wieder und du reduzierst um die Care-Arbeit aufzuteilen und auch in den Genuss von ganz viel Kinderzeit zu kommen.
Wenn es knapp ist mit dem monatlichen Geld, dann empfehle ich IV/IV mit Faktor. Das muss man genau wie III/V beim FA beantragen uns sorgt dafür, dass der Splittingvorteil schon beim Lohnsteuerabzug gerecht untereinander aufgeteilt wird. Ein nicht zu unterschätzendes psychologisches Element! Nicht selten wird sonst der vermeintlich niedrige Verdienst der Frau als „Zuverdienst“ betitelt, bei dem es sich eh nicht lohnt mehr zu arbeiten.
Sobald eine weitere Phase der Lohnersatzleistung absehbar ist (Elterngeld), sollte derjenige der sie beziehen wird, in die Klasse III wechseln. Egal wie niedrig sein Bruttolohn. Wenn also deine Frau wieder in Elternzeit mit Elterngeld gehen würde, dann du in V und sie in III. Denn Lohnersatzleistungen richten sich nach dem Netto. Hättet ihr am besten schon vor dem ersten Kind gemacht, aber es ist müßig darüber nachzudenken, da bereits geschehen.
Die Höhe der Nachzahlung aufgrund des unter Progressionsvorbehalt stehenden Elterngelds könnt ihr, wie Susannea beschrieb, leicht googeln. Sie ist also kein Argument für die Steuerklassenwahl, da es ein leichtes ist, das Geld selber zurückzulegen. Das ist ja nichts, was einen überrascht. Grob gerechnet entspricht die Nachzahlung etwa einem Monat Elterngeldbezug.