Eine Wiederholung wäre eine Strafe.
[...] wird wohl von über 50% der Schülern als Strafe empfunden.
Ja, nun, nur weil irgendwas von irgendwem irgendwie "empfunden" wird, wird es nicht gleich eine Tatsache.
Vielleicht hilft es ja, von diesen wertenden Begrifflichkeiten wegzukommen ("Betrug"; "Strafe" etc.). Es ist halt ein Formfehler, der die Prüfung anfechtbar macht - nicht nur von der betroffenen Schülerin, sondern von allen, die von der Prüfung betroffen ware. Dem muss abgeholfen werden. Das hat mit Strafe nichts zu tun, egal, wer irgendwas wie empfindet. Die bessere Analogie als die verlorenen Klausuren sind Fälle, in denen vor Eröffnung der Abiturprüfungen schon Prüfungsaufgaben in fremde Hände gefallen sind. Da mussten auch schon Klausuren verschoben oder wiederholt werden - das ist dann ja auch keine Strafe für die Prüflinge, auch wenn es natürlich nicht schön ist. Oder wenn während der Klausur ein Feueralarm stattfindet - dann muss sich auch wiederholt werden, obwohl die Schüler nichts dafür können. Sowas passiert halt, selten, aber es passiert.
Aber hier geht es überhaupt nicht um einen justiziablen Verwaltungsakt.
Auch wenn due es nicht in diesem Kontext so gemeint hast, wäre das evtl. noch am ehesten eine Begründung, warum man den vorgefallenen Formfehler vielleicht nicht so hoch hängen müsste. Ich finde trotzdem eine Wiederholung korrekt, einfach um Schülern auch zu vermitteln, dass es formale Bedingungen gibt, die eingehalten werden müssen, selbst wenn andere die Formfehler begehen.
Dass man dann in Aufgabenstellung und Bewertung der Schülerin entgegenkommen kann und vielleicht die nicht gewertete Klausur in die mdl. Note einfließen lassen kann, steht auf einem anderen Blatt.
Man kann übrigens der Schülerin auch vermitteln, dass sie zwar jetzt durch den Fehler der Lehrkraft in eine dumme Situation geraten ist, dass sie dadurch aber immerhin in den Genuss einer komplett korrigierte Übungsklausur kommt, die ihre Mitschüler nicht hatten.