Oft wählen die Kinder ihre (zweite) Muttersprache, weil sie meinen, damit ohne Aufwand gute Noten zu bekommen. Das tut dein Sohn ja auch, eine zwei ist doch "gut".
Zu den Akzenten wurde schon einiges geschrieben. Warum soll er die nicht lernen können? Andere müssen das auch, da bildet er keine Ausnahme.
Noch etwas aus eigener Anschauung:
meine Freundin ist Andalusierin. 4 Töchter. Mit der Mama wurde Spanisch gesprochen, der Papa ist Deutscher. Wie in vielen Familien, war der Papa nicht gar so oft zu Hause, die Kinder sprachen also viel Spanisch. Alle Sommerferien wurden komplett in Andalusien mit der Großfamilie verbracht. Dann, als die Mädels zwischen 10 und 15 Jahre alt waren, zog die Familie endgültig nach Spanien. Und plötzlich merkten die 4 Kinder, dass zwischen dem, was man mit Mama tagtäglich und mit der Familie in den Ferien so redet und dem, was in der Schule verlangt wurde, ein Riesenunterschied bestand.
Will damit sagen, auch im Fremdsprachenunterricht geht es ja (zumindest auf dem Gymnasium) bald auch über Umgangssprachliches, über "my name is... and my hobbies are..." hinaus. Das ist durchaus vergleichbar mit dem Deutschunterricht für deutsche Kinder: sie sprechen es, schreiben es auch (leidlich :D), aber dennoch haben sie Deutsch als Schulfach. Kein überhebliches Beispiel, sondern schlichte Tatsache ;_)
Auch die schlechtere Notengebung zum Halbjahr im Grenzfall ist so unsinnig nicht, je nach "Fall". Aber das führt jetzt zu einem anderen Thema.
Ich würde an deiner Stelle tatsächlich mal mit der Lehrerin reden. Dann wird ihre Notengebung sicher transparenter. Eigen- und Fremdwahrnehmung der Kinder können sehr differieren 