Ich glaibe, du verkennst da etwas die Rolle der Kirchen beim Religionsunterricht - die haben nicht "von außen [...] irgendwie ihre Finger mit im Spiel", die haben die Spielanleitung geschrieben und sind die eigtl. Spielleiter, Religionslehrer spielen das Spiel in ihrem Namen; wer als Religionslehrer nicht "den SuS die Inhalte der Bibel als Realität [verkauft]"", nicht einen der "Kirche hörigen [...] Religionsunterricht" veranstaltet, der sich eben doch "zwingend aus de[m] Staatsvertrag" ergibt, riskiert im Zweifelsfall, falls sich zu ostentativ gegen all das gerichtet wird, seine Vokation resp. missio canonica (s.o.). Frag deine Kollegen mal, wie 'frei' die in diesen Belangen wirklich sind...
Du scheinst das Wesentliche überlesen zu haben: der Religionsunterricht wird in Niedersachsen überkonfessionell angeboten. Das verhindert dann auch gleichzeitig den einseitigen Zugriff einer Konfession auf die Art und Weise der Durchführung von Religionsunterricht ziemlich gut. Und ja, die Kirchen haben natürlich auch Vertreter (neben vielen anderen) in der zugehörigen Kommission zur Erarbeitung des neuen KC gehabt. Von den Vorwürfen "den SuS die Inhalte der Bibel als Realität verkaufen" usw. kann jedoch keine Rede sein.