Hatte der Schüler denn offiziell Attestpflicht oder hattest du sie ihm nur angedroht?
Wenn er keine hatte, reicht doch eigentlich eine persönliche Entschuldigung für die Fehltage (oder ist das bei euch anders?) und diese persönlichen Entschuldigungen hat er dir ja nachgereicht (auch wenn du nachweisen kannst, dass die Blutwerte nicht von den passenden Tagen sind, weiß ich nicht ob das Datenschutzrechtlich so überhaupt erfasst werden darf).
Ich an deiner Stelle würde mit der Schulleitung sprechen und mit ihr gemeinsam ein Vorgehen entwickeln, dass auch rechtlich tragbar ist. Nicht, dass der Schüler dann klagt, weil er nie Attestpflicht hatte.
Weiß deine Schulleitung von der Regelung, die du mit ihm getroffen hast?