Ich habe jetzt auf die Schnelle nicht so gründlich recherchiert, sehe das Problem aber auf einer basaleren Ebene: das Referendariat ist Teil der Ausbildung. Selbst jemandem, der aktuell in Psychotherapie ist, könnte man letztendlich nicht verweigern, seine Ausbildung abzuschließen. Gleiches gilt für akute somatische Erkrankungen, sofern sie nicht mit dauerhafter AU einhergehen.
Eine Studienkollegin von mir erlitt während des Staatsexamens mehrere Schlaganfälle und konnte selbstverständlich nach ihrer Genesung das Referendariat antreten, obwohl von vornherein klar war, dass sie nicht verbeamtet werden konnte.
Insofern hätte das Gesundheitsamt die Ablehnung gar nicht aussprechen dürfen. Dass das Ganze nach dem nicht erfolgten Rücktritt der Bewerberin zumindest wesentlich komplizierter ist, bestreite ich nicht.