Eine neue Klausur kann auch eine Zusatzchance sein, wenn es mit der ersten nicht so gut läuft, auf so etwas würde ich mich nie einlassen.
SuS können einzeln auf Toilette gehen, wenn ein zweiter ohne meine Erlaubnis raus gehen würde, weil es nicht anders geht, wäre für ihn die Klausur an der Stelle beendet und die Klausur wird ganz normal benotet.
Die guten Aufgaben gibt es in der 1. Klausur, in der Nachschreibeklausur, das was übrig geblieben ist. Außer ich schreibe zu einem deutlich späteren Termin nach mit dem darauffolgenden Thema (und das war einmal DNA statt Proteine, in den nächsten 5 Jahren hat bei mir niemand mehr gefehlt, ich war selbst überrascht, wie sich das herum gesprochen hat).
Bei uns wird außer im Abitur und Deutsch nie länger als 90 Minuten geschrieben, daher habe ich dieses Problem nicht. Es wird akzeptiert.